Markmið þeirrar meðferðar sem fer fram hjá Endurhæfingu–þekkingarsetri er að hámarka getu hvers einstaklings til færni og sjálfsbjargar og lágmarka afleidd vandamál skerðingar/fötlunar s.s. kreppur, liðhlaup, lungnavandamál, þrýstings-/legusár og verki. 

Þannig er hægt að auðvelda umönnun og aðra aðstoð, auka velferð og lífsgæði einstaklingsins og möguleika á félagslegri þátttöku (participation). Markviss þjónusta af þessu tagi stuðlar auk þess að betri nýtingu fjármuna, auðveldar umönnunaraðilum störf þeirra og minnkar kostnað til lengri tíma.

Endurhæfing-þekkingarsetur hefur sett sér gæða- og þjónustumarkmið sem byggja á gæðaáætlun heilbrigðisráðuneytisins.